Salah satu unsur Kebudayaan Jawa yang ada di Masjid Kuncen ini dapat dilihat dari segi arsitekturnya. Hal itu bisa dilihat dari keaslian pondasi bangunannya yang tidak pernah direnovasi dari dulu hingga sekarang dan bisa dilihat juga dari tiang/pilar penyangga yang terbuat dari kayu jati berjumlah 4 yang ada di dalam Masjid Kuncen ini.
Masjid Kuncen ini juga terdapat candi berupa prasasti yang merupakan peninggalan dari Kerajaan Demak. Informasi di atas saya dapatkan dari wawancara saya kepada salah satu pengurus Ta'mir Masid Kuncen ini, yaitu Bapak Wardoyo. Beliau juga menjelaskan bahwa Masjid ini merupakan bukti persebaran Agama Islam pertama kali di Kota Madiun. Selain dari bangunan/arsitekturnya, ada beberapa kegiatan masjid yang merupakan simbol dari Kebudayaan Jawa, yaitu Kesenian Gembrung yang sering dipentaskan tepat di depan Masjid Kuncen. Kemudian ada kegiatan pengajian yang diselenggarakan secara rutin bedasarkan penanggalan jawa, yaitu pada Minggu Kliwon pengajian untuk bapak-bapak dan Minggu Pahing pengajian untuk ibu-ibu.
Masih di dalam komplek Masjid Kuncen, di belakang masjid terdapat Sendhang Tundhung Mediun. Sendang/tempat pemandian juga ini dianggap keramat oleh masyarakat setempat. Selain sendhang, tepat di dekat sendhang terdapat pohon keramat yang dianggap sebagai bukti sejarah dari berdirinya Kota Madiun. Sekian tulisan ini saya cukupkan, semoga informasi di atas sangat bermanfaat bagi teman-teman semua.